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論文に記載のAccession Numberを元にFastaやGenbank形式のファイルをNCBIからCLIでダウンロードする

もう NCBI GEO の多くの FASTQ を処理しなくてもいいかもしれない #souyakuAC2023

NCBIのAPI経由でPubMedから症例報告を取得する

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google colabolatoryでcircRNAを同定したい②（step1~4）

被写体を模擬した物体「ファントム」

画像再構成

GASとDeepLでPubmed新着論文の検索・翻訳・メール通知を自動化する

GoogleAppsScript

GoogleSpreadSheet

ChatGPTで論文を要約しブログに投稿する

Google Colab で Bioconductor

論文検索を自動化してメール通知【コード全文】

GoogleAppsScript

論文検索を自動化してメール通知（GAS/Pubmed）

GoogleAppsScript

Laravel9でWebスクレイピングしてみた

Webスクレイピング

PubMedID(PMID)を指定して引用文献一覧のPMIDのリストを取得する

SRA Toolkit::fasterq-dumpについての私的覚書

大規模英語コーパス「The Pile: An 800GB Dataset of Diverse Text for Language Modeling」を要約した

pythonでBLAST検索

バイオインフォマティクス

pythonでpairwise alignment(ペアワイズアラインメント)

バイオインフォマティクス

[ゲノム解析] クリップボードを活用した配列データの保存/出力

EnvProUnitで空気質指数（IAQ）監視、GASで閾値設定してLINENotify送信する。

[実験手法] プログラムのインストールが必要ないPCR増幅領域の調べ方

[ゲノム解析] IGVで視覚的にゲノム解析を行おう

遺伝研スパコンでANIを使う

薬の追跡調査副作用膠原病皮膚筋炎医(111)

Pythonを用いて、リファレンスゲノムにマップ済みのFASTAファイルから、ミトコンドリアDNA配列のSNPの主成分分析を行う

主成分分析

バイオインフォマティクス

NLP Course 5章のPUBMED_title_abstracts_2019_baseline.jsonl.zstはダウンロードできない

自然言語処理

自動車ソフトウェア三規格参考文献安全(67)

ソフトウェア

PubMed / PubTator を使って論文から情報を取り出す

Rを用いた遺伝子解析：TDbasedUFEのチュートリアル

バイオインフォマティクス

画像処理でコンクリートのひび割れ抽出

RefSeq転写産物の3′UTRの範囲をBEDに書き出す

塩基配列検索

オフターゲット

バクテリアの CAZyme 遺伝子クラスターを網羅的に解析したい

CAFA 5 Protein Function Prediction DeepGOの写経(2023/07/10)

データ分析

CAZyデータベースからの配列の取得とFASTAファイルの取り扱い

CAFA 5 Protein Function Prediction みんなのお話(2023/07/03)

データ分析

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