Zennta

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    Snowpark Container ServiceのR言語環境でsingle cell RNA-seq解析をする
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    edgeRの分散推定後のDGEListオブジェクトの中身
    R
    バイオインフォマティクス
    edgeR
    edgeRの分散推定に関する詳しい説明
    R
    バイオインフォマティクス
    edgeR
    edgeRを使ってRNA-seqから発現変動遺伝子を見つける
    R
    RNA-seq
    Edger,
    バイオインフォマティクス,
    公共データを使ったTrajectory解析
    Python
    R
    bioinformatics
    RNA-seq
    Monocle3
    【Scanpy】シングルセル解析・アノテーション(Celltypist / decoupler)
    annotation
    scanpy
    シングルセル解析
    シングルセルデータからPalantirで細胞運命の解析をやってみた
    Python
    Palantir
    singlecellRNAseq
    GEMMIを使ってタンパク質の立体構造解析① ~SMCRAデータ構造~
    bioinformatics
    mmCIF
    GEMMI
    Biopythonを用いたgbkフィルの解析
    Python
    bioinfomatics
    Biopython
    CIFファイルの中身をpandas/polarsで閲覧・編集する
    pandas
    bioinformatics
    mmCIF
    polras
    GEMMI
    M1 Macにdocker版 fuannotateの環境を作る
    Mac
    バイオインフォマティクス
    AlphaFold3 (ver. 3.0.1) インストール
    AlphaFold
    AlphaFold3
    HelixFold3のインストール
    DeepLearning
    タンパク質立体構造
    AlphaFold
    What is Protein Methylation and How to Study
    biotech,health
    Docker 備忘録
    Docker
    Minipileupのコードを少しだけ眺めてみた BAMファイルからバリアントを数えるシンプルなツール
    bioinformatics
    bcftools
    htslib
    Shortread RNA-Seqのためのリファレンスゲノムの取得方法
    @linux
    @Ubuntu
    @RNA-Seq
    google colabolatoryでcircRNAを同定したい③(step5,6)
    GitHub
    bioinformatics
    素人
    colaboratory
    circRNA
    google colabolatoryでcircRNAを同定したい②(step1~4)
    GitHub
    bioinformatics
    素人
    colaboratory
    circRNA
    snRNA-seqを使った実験の論文を読んでデータ解析してみた
    Python
    scRNA-seq
    アルツハイマー
    snRNA-seq
    google colabolatoryでcircRNAを同定したい①(下準備編)
    GitHub
    bioinformatics
    素人
    RNA-seq
    circRNA
    scanpy/decouplerを用いてscRNA-seqデータを解析してみた
    Python
    RNA-seq
    scRNA-seq
    Google Colab で Bioconductor
    R
    Bioconductor
    RPy2
    colaboratory
    ChatGPT
    ワンランク上のデータ可視化をするために達人のプロットを収集してみる
    Python
    matplotlib
    可視化
    pythonでpairwise alignment(ペアワイズアラインメント)
    Python
    Biopython
    バイオインフォマティクス
    ChatGPTとPythonで学ぶ 動的計画法
    Python
    動的計画法
    ChatGPT
    purrr::map()を活用した多条件bulk-RNA-Seq解析の実行
    R
    bioinformatics
    RNA-seq
    patchworkを用いて,ggplot2で描画したグラフを並べる
    R
    ggplot2
    TCGAデータベースでRNA-seq、DEG解析、生存予測
    Python
    RNA-seq
    TCGA
    DEG解析
    生存予測
    kaggleコンペ"stanford-ribonanza-rna-folding"の個人的メモ
    機械学習
    Kaggle
    Transformer
    RNA-Seqデータ解析ツールで使用している技術を紹介します
    RNA-seq
    Salmon
    edgeR
    tximport
    clusterProfiler
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