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BUSCO5を用いた塩基配列・アミノ酸配列の評価
Validation
genome
BUSCO
nucleotide
aminoacid
M2 Mac で GATK をコンパイルしてみたった
Java
ポエム
bioinformatics
GATK
Bioinformatics command チートシート [備忘録]
bioinformatics
Pan-genomeの圧縮解凍ツールAGCを使ってみた
bioinformatics
acg
pangenome
[ゲノム解析] Circlatorで細菌ゲノムアセンブリの環状化処理を行おう！
ShellScript
Mac
Terminal
bioinformatics
genome
[Biopython]細菌ゲノムの簡単なstatistics (ID、ゲノムサイズ、遺伝子数など) を出力する
bioinformatics
genome
Biopython
RNA-seqデータからDNAウイルスのゲノムをアセンブルしてみる
bioinformatics
genome
RNA-seq
BigQueryを使ってNCBI SRAの配列データからウイルスゲノムを釣り上げよう
SRA
bioinformatics
BigQuery
ncbi
完全長ゲノム配列を使って大規模SVsを反映したvariant callingをやってみる
assembly
bioinformatics
vcf
svim-asm
全ゲノム増幅したサンプルがうまくアセンブルできないときはCanuを試すと良いかもしれない
assembly
bioinformatics
genome
大型DNAウイルスゲノムの解析 (1) アセンブリ編
bioinformatics
genome
metagenome
[Biopython] NCBI RefSeqの真核生物ゲノムから各遺伝子１本ずつタンパク質を取り出す
bioinformatics
annotation
Biopython
genbank
ゲノムシンテニーの可視化
バイオインフォマティクス
ゲノム解析
可視化ツール
ビギナーによるビギナーのためのバイオインフォ
【TBtools】シークエンスデータのシンテニープロットやってみた
バイオインフォマティクス
染色体
ゲノム解析
TBtools
各種ファイルのゲノムの座標を変換するCrossMap.py
bioinformatics
Website ExplorerによるAWS サービス一覧取得
AWS
WebsiteExplorer
ゲノム変異体解析の並列化
Databricks
Adam
M1 Macでde novoアセンブリを可能にしよう 〜インストール編〜
bioinformatics
conda
Biopython
M1Mac
BI技術者認定試験前に学んだ事をまとめてみた①
アルゴリズム
数学
統計学
コンピューターサイエンス
バイオインフォマティクス
Unipro UGENEを使ったサンガーSeqの生データ処理
bioinformatics
次世代シーケンサーとは
初心者
ngs
次世代シーケンサー
RNA-Seqの一連の流れ（生データからエンリッチメント解析まで）
RNA-seq
RNA-Seq入門１（環境構築）
RNA-seq
Accession No.からメタゲノムアセンブリを取得してLocal BLAST用のデータベースを作成する
Ubuntu
bioinformatics
Biopython
WSL2
Entrez
ショートリード配列から高速に薬剤耐性や病原性のタイピングをするSRST2を使う
ShellScript
RefSeqから任意の細菌種のfasta配列を網羅的に取得する
bioinformatics
Linuxコマンド
複数のアセンブラからコンセンサス配列を抽出する『Trycycler』を使ってみる
ShellScript
GenomeAssembly
ウイルスゲノム（SARS-CoV-2）をTerraで解析する
genome
バイオインフォマティクス
WDL
COVID-19
バイオインフォマティクスを学びたいあなたへ - Rosalindの紹介
競技プログラミング
バイオインフォマティクス
ncbi datasetsをコマンドラインから利用する
bioinformatics
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