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論文に記載のAccession Numberを元にFastaやGenbank形式のファイルをNCBIからCLIでダウンロードする
Genbank形式のファイルからデータを取得して表形式にまとめる練習(Biopython)
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NCBIデータベースからのミトコンドリアデータ取得
bioinformatics
Biopython
ncbi
Biopythonを用いたgbkフィルの解析
Python
bioinfomatics
Biopython
M1 Macにdocker版 fuannotateの環境を作る
Mac
バイオインフォマティクス
[ゲノム解析] IGVで視覚的にゲノム解析を行おう
ShellScript
Mac
Terminal
bioinformatics
genome
遺伝研スパコンでANIを使う
conda
遺伝研
ani
RefSeq転写産物の3′UTRの範囲をBEDに書き出す
GGGenome
塩基配列検索
siRNA
核酸医薬
オフターゲット
CAZyデータベースからの配列の取得とFASTAファイルの取り扱い
Python
Biopython
CD-HIT
CAZy
BiopythonとGenBankファイル形式の基礎
Python
bioinformatics
Biopython
genbank
antiSMASH ver7のGoogle Colaboratoryでの利用
Python
bioinformatics
GoogleColaboratory
[Biopython]細菌ゲノムの簡単なstatistics (ID、ゲノムサイズ、遺伝子数など) を出力する
bioinformatics
genome
Biopython
医学論文機械翻訳例(1)TIF1γ
英語
機械翻訳
小川メソッド
CountdownCalendar2023
医学論文
[argparse]Biopythonの機能をスクリプト化して使いやすくする
argparse
Biopython
[Biopython]直鎖状ゲノムを描画する
genome
Biopython
svgwrite
GenomeDiagram
[Biopython]GenBank形式ファイルの一部を切り出す
Biopython
genbank
[Biopython]環状ゲノムを描画する
genome
Biopython
svgwrite
GenomeDiagram
[Biopython] NCBI RefSeqの真核生物ゲノムから各遺伝子1本ずつタンパク質を取り出す
bioinformatics
annotation
Biopython
genbank
円形データ可視化パッケージ「pyCirclize」を開発してみた話
Python
matplotlib
bioinformatics
データサイエンス
個人開発
Biopythonのefetchを利用した際に出力される情報のまとめ
Python
bioinformatics
Biopython
GoogleColaboratory
Biopythonでgenbankファイルにfeatureを追加する、削除する
Python
bioinformatics
NCBIからデータをターミナル上でダウンロードしよう
Mac
Terminal
bioinformatics
M1
Google colaboratoryを用いて遺伝子クラスター比較ソフトclinkerを動かす
bioinformatics
colaboratory
【バイオインフォマティクス】NGS解析に使用するリファレンスゲノムの取得方法について
Python
R
bioinformatics
RNA-seq
ensembl
BiocondaへPyPIパッケージを登録する手順
Python
PyPI
bioinformatics
conda
bioconda
バイオインフォ関連の簡単な問題を解いてみる(2)
初心者
シェル芸
バイオインフォマティクス
【Streamlit】ゲノム内遺伝子の比較・可視化アプリGBKvizを作ってみた
Python
bioinformatics
Biopython
Streamlit
GenomeDiagram
NCBIからゲノムをrsyncでダウンロードする
bioinformatics
`Bio::GenBank` なオブジェクトをファイルに書き出す
Ruby
BioRuby
BioRubyでgenbankファイルを取得する
Ruby
BioRuby
Unipro UGENEを使ったサンガーSeqの生データ処理
bioinformatics
tar: Error exit delayed from previous errors. はファイルの破損が原因だった話
MacOSX
tar.gz
NGS-DAT
次世代シークエンサーDRY解析教本
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